Marie-Claude Dupuis est diplômée de l’Ecole Polytechnique et Ingénieur Général des Mines.

Elle a été Chef de la Division Installations Nucléaires au sein de la DRIRE Centre successivement de 1988 à 1992, puis de 1992 à 1994, Chef de bureau normalisation et des affaires internationales à la Direction Générale des stratégies industrielles, au sein du Ministère chargé de l’Industrie, avant de devenir responsable de la sous-direction de la qualité pour l’industrie et de la normalisation.

En 1998, elle est nommée Chef du service de l’Environnement Industriel au sein du Ministère chargé de l’Environnement. En août 2005, elle devient Directrice générale de l’Andra.

Elle rejoint la RATP en mars 2015 en qualité de Directrice du Département Matériel Roulant Bus avant d’être nommée Directrice Stratégie, Innovation et Développement du groupe en février 2017.